对于战后军队整合这件事，朱由检思考了很久，但始终没有拿出自觉最为合适的方案，这件事可以说这是他穿越过来后遇到的最为棘手的问题。
因为这会牵扯到众多原来统兵的总兵大将最终安置问题，这是会产生深远影响的大事，必须尽量考虑周全才好。
因为功臣的安置问题在大明是有前车可鉴的，其中尤以太祖太宗为最，两者截然不同的做法，对后世也是影响比较大的。
在朱由检的眼中，从一个乞丐到君临天下的太祖朱元璋，的确是一位了不起的大英雄，但他对待功臣们的手段却并不值得称道。
在这个问题上可以看出老朱眼光上的局限性。
老朱太狠了，也太过凉薄，小家子气尽显。
难道苦大仇深成功之后，就要翻脸不认人才对？
兔死狗烹、鸟尽弓藏，这个典故在他身上体现得淋漓尽致，同时也给自己的子孙后代埋下了君臣离心离德的祸根。
当初跟着他打天下的那帮武重臣，最后仅有寥寥几人得了善终，大多数都死在了老朱的屠刀之下，其中甚至包括他的亲侄子朱正，这得多狠？连亲侄子都杀！
这一点上，老朱明显不如他儿子朱老四。
在对待功臣的问题上，朱棣做到了仁至义尽，现在大明还存续的勋贵们，基本都是靖难功臣的后代。
所以，朱由检准备以朱老四为榜样，不去学朱八八。
但是，这里有个非常重要的问题：职位不好安排。
大明现在这么多总兵大将，虽是多年来参与过剿贼平奴、抵御靼虏等等诸多战事，但论起个人的功绩来，根本无法与开国和靖难功臣们相提并论，要是给他们封爵，这些将领的功劳明显是不够分量的。
有些人明显是守成有余、进取不足，例如镇守宣大的杨国柱、虎大威，坐拥数万边军，多年来也只是苟且在坚城之中，从无一丝一毫扬威塞外的雄心壮志，抱着一种得过且过的心态混日子，根本没有真正替朝廷解忧祛烦的打算。
而其余的大多数军将则是没有任何的战略眼光和思维，好一点的唯命是从，私心重的干脆阳奉阴违，或者出工不出力。如果不是还有像洪承畴、卢象升、孙传庭这样的重臣支撑，这群武将根本指望不上，最后的结果就是顺应历史潮流，换个主子继续效劳。
不过，说一千道一万，自从朱由检穿越过来后，这些军将在剿灭流贼的战斗中还是发挥了非常重要的作用的，并且在这次关外会战中也是拼尽了全力，尤其是宣大边军，在杨国柱、虎大威指挥下，给与了清军以重大杀伤，单从这一点上，如果战后酬功不合理，很可能会引发将领士卒们的不满，对军队接下来的整合带来不利影响。
有这帮老将在上面压着，后起的秦军、勇卫营、京营、川军这几只新军中那些当打之年的年轻将领想要拔擢就很难了。
在朱由检的设想中，在后金覆灭、东北基本安定的情况下，大明未来在北方和西北方将会采取战略攻势，以收复汉唐疆域为主要目标。这种情况下，骑兵将会成为重中之重，像曹变蛟、罗世芳、马科、李重进等一干骑将就要得到重用，而这次赏功就必须体现出来。
这次军队的整合其实就是变相的让这帮传统将领让位，给渴望建功立业的年轻一辈腾出晋升的空间，裁汰不合格的兵卒，打造和长期保留几支精兵，以此来维护政权和社会的稳定。
在这件事上，朱由检已经密诏杨嗣昌和兵部几名堂官入宫商议了数次，但还是没有就此事拿出一个合适的方案，但是在关外大战结束的情况下，这个问题必须要尽快解决了。
“圣上所提之事关系到方方面面，故兵部至今仍在会商此事，尚未有具体方略，臣意扩大会商范围，可诏各位大学士参与会商，群策群力，尽快拿出相应方案。”
在被皇帝数度召对后，杨嗣昌和兵部几位堂官有些承受不住朱由检的压力了，今日看到皇帝又当众逼迫，无奈之下，杨嗣昌只得把球踢了出来，要求更多人参与进来，以免自己将来背上骂名。
因为在商议几次之后，朱由检还是决定抛出自己的打算：恢复明初祖制，复设五军都督府，用来安置这些立功后的总兵大将。
五军都督府掌武官诰敕﹑水陆步骑之操练﹐军伍之清勾替补﹐俸粮﹑屯费与屯种之器械﹑舟车﹐军情声息﹐边腹地图册﹑薪炭荆苇等，并节制中外诸军事，可以说是权利极大的要害部门，而它所涉及的诸多权利现在是兵部所有。
如果五军都督府复设，那它就会具备参与军国大事决策的权利，这就意味着不光是从兵部抢权，而是等于武人地位的大幅度提高，这是杨嗣昌及兵部这些臣所不能接受的。
如果他们答应了皇帝的策略，那肯定会被臣们喷个半死，但不答应吧，又面临着失去圣眷的危险，在如此两难的境地下，杨嗣昌干脆把来自皇帝的压力转移出去，让更多人来和皇帝打擂台。
在杨嗣昌他们看来，既然流贼建奴都已烟消云散，那这些武将们也没啥用场了，趁着皇帝提出整合裁汰的意见，干脆让这帮人解甲归田得了。就像宋初那样，一个个交出兵权，安心在家当个富家翁多好，至于这样做是不是会打击年轻将领以及全军将士的心气，那就不是他们该管的事了。
而朱由检就是打算改变土木堡一役以来形成的这种贵武贱的不良风气，慢慢培养和锻炼年轻有为的将领，做到武各负其责，专业人士干本专业之事，杜绝外行领导内行而导致的的决策性错误，并将之作为国策长久贯彻下去。
“唔，杨卿之议可行，此事须得尽快拿出方案予以解决，并尽快形成案，以圣旨明发，以慰将士之心。既是今日诸卿汇聚，那就趁热打铁好了，除大学士以外诸卿尽可回归本职，余者昭仁殿内会商此事！”
朱由检本着不给这些臣私下沟通往来机会的原则定下了从速办理的调子，殿内众臣大多数不清楚具体事由，所以在朱由检话音落下后齐齐施礼，随后退出乾清宫回了衙门，剩余的几位大学士以及兵部堂官们举步去了一侧的昭仁殿，司礼监诸位大铛、锦衣卫堂上官等人未得皇帝与会的吩咐，遂也是施礼后各自散去。
“此次复设五军都督府是朕深思熟虑之后所定，诸卿皆为朕之肱股，于朝廷大政方针定策中，首先要从全局处着眼，而不是为了个人以及某个群体之利益考量，这也是朕重用卿等之原由；否则的话，朕会对自家之眼光倍感失望！
故此，卿等有何建言或思虑，尽可畅所欲言，但一切要以国事大局为出发点，勿要从臣之角度，以狭隘之眼光论断此事，要秉持一颗公心！好了，谁有异议提出来吧！”
昭仁殿中，等杨嗣昌把复设五军都督府的策略简要阐明之后，在重臣们一片讶异和疑虑的神色中，朱由检发表了重要讲话，言语中的期待与胁迫并存，可以说，这番话讲得很重，一时之间，大殿内的气氛顿时沉寂下来。