由于信息传递以及交通的极度不便利，决定返航之后，单是从荷兰、法国、英国、葡萄牙、普鲁士、威尼斯等诸多国家收拢人员便花去了数月时间，在一切准备就绪之后，船队从里斯本拔锚起航，踏上了回国的漫长航程。
在这接近五年的时间中，使团成员以及那些孩童、护卫、仆从等等，因为各种各样的原因，已经先后有数十人殁于异国他乡，这其中水土不服导致的急症突发是最主要原因。
现在的欧洲并没有诞生后世的那种西医医术，在没有抗生素的时代，急症突发就只能听天由命。
中医药对于慢性疾病的治疗是比较有效的，可面对急症也是束手无策。
随队的太医院太医胡方虽然医术高超，但也只能眼睁睁看着发病之人在自己眼前慢慢离世，作为一名悬壶济世的医者，胡方等人面对如此场景，内心的痛苦和自责旁人无从知晓。
罹难人员的尸骨就地火化后被装入陶罐带回大明，后续的抚恤事宜自有朝廷处置。
有了来时的经验，船队返航途中经过好望角时特意往西绕了个大圈子，避开了常年风暴肆虐的危险区域，虽说又多耗费了月余的时间，但安全性却有了更充分地保障。
“我适才问过胡太医了，他说，在用药施针之后，笛先生现下已无大碍，不过最好在陆地上休养一段时日，不然的话会留下后患，对其寿命会十分不利。
密之，适才船长说了，前行不远就是马尼拉，咱们可否在马尼拉港停驻一段时间，让笛先生歇息数日？
长时间呆在海上，常人的确是难以招架得住，更何况是病患。
虽说与其他船只无法交通，但我琢磨着，病疾者应不在少数，这眼看就快到家了，死于半道之上，实在是太过可惜！”
郑芝凤把胡方的话转述一遍后建议道。
“也好！
抵达马尼拉港之后，各船发病之人先行上岸寻地休养，其他人等轮番上岸修整，亲军护卫要时刻保持警觉，以防西班牙人做出不利之举动！
一旦事有不谐，船队立刻起航！
再就是，鸣山还要暂且忍耐，毕竟我等身负使命，小不忍则失大谋，一切待回国后再说！”
方以智稍微思忖之后做出了决定，但在最后还是特意嘱咐了郑芝凤几句。
由于时间差和信息交流异常不顺的缘故，方以智他们并不知道，现在的马尼拉港已经易手。
他们只是从荷兰政府那里获悉，大明很可能对吕宋的西班牙人采取军事行动，而西班牙政府正在讨论派发大兵远征大明。
因为西班牙使团在大明自取其辱的原因，两国之间的关系已经降到了冰点，双方之间的战争似乎已经无法避免。
在前往欧洲的途中，船队曾在马尼拉靠泊，以便补充淡水和食物，当时西班牙人对他们的态度就十分傲慢和恶劣，索要的补给费用也是远高于其他船只，这还是在郑芝凤报出名号后的结果。
郑芝凤当时一气之下便要乘船返航，准备回福建带着郑家船队过来教训一下这群红夷，在方以智的竭力阻止下这才忍了下来，但从此他对西班牙人便恶感陡生，扬言等将来回返后，定要教西班牙人好看。
有朱由检的吩咐在前，又有马尼拉吃亏在后，所以使团几乎行遍欧洲各个国家，但却从未到访过西班牙。
“成！
我郑鸣山也非无脑莽夫，些许羞辱算不得什么！
到时候新账旧账一起跟他算就是了！
若是官军真要攻取马尼拉，那我郑家责无旁贷，必出精锐助阵！”
经过数年的游历，郑芝凤成熟稳重了很多，对于很多事情也都有了全新的认识，为人处世变得更加圆滑和有耐性，遇事也是逐渐从大局处着眼，举止间也更加符合朝廷官员的形象。
俗话说，看山跑死马。
早就若隐若现的海岸线看似近在眼前，但船队仍既是在海上漂浮了数日后，方才贴近了印度洋北岸，又沿着北岸航行三天，这才于当日午时抵达了宽阔的马尼拉湾。