随着矩阵的残余势力开始清算联盟成员，陈晨和她的盟友们逐渐意识到，虽然矩阵的核心架构被摧毁，但余党的反击正在悄然展开。这场清算行动无形而迅猛，目标明确地指向联盟的关键人物，试图瓦解联盟的士气，抹去他们的影响力。联盟成员们的生活从此进入了前所未有的高压状态，每个人都处在被盯上的边缘。
联盟的一位欧洲成员保罗是最早意识到清算行动的成员之一。某天清晨，保罗在出门时发现一辆黑色轿车停在他家附近，不时有陌生人注视着他的家门。保罗是一名技术专家，擅长防止信息泄露，因此，他的行为和通讯向来十分谨慎。但接下来的几天，保罗发现自己的银行账户出现了异常，有几笔莫名其妙的资金转出，似乎是有人试图锁定他的财务状况。
他将这一异常情况告知陈晨，陈晨立即通知艾琳对联盟成员的账户和通信进行全面检查。很快，艾琳发现，不止是保罗，联盟内的数位成员都遭遇了类似的监控和骚扰。一些成员的邮箱被黑客入侵，私人邮件被篡改或删除，甚至有人在社交媒体上收到威胁消息，暗示他们“知道太多”，应该“考虑退出”。
除了监控，矩阵的余党还采取了更直接的手段——冻结和封锁联盟成员的财务和信用。联盟中一位核心成员莉萨是一名律师，负责收集并整理联盟对矩阵的诉讼资料。某天，她突然发现自己的信用卡被银行冻结，所有的线上支付功能被暂停，她的手机银行应用也显示账户异常。
莉萨联系银行，得到的回复是她的账户涉嫌“非法活动”被临时锁定。银行要求她提交一系列证明件，然而在等待期间，莉萨无法进行任何财务操作。与此同时，她的家庭地址被泄露，有人向她的亲属发出匿名信件，暗示莉萨“牵扯了不该牵扯的事”，威胁她的家人离开住所，甚至带上了她孩子的照片。
莉萨将这一切告知联盟的其他成员，震惊和恐惧迅速在联盟内部蔓延。陈晨和艾琳意识到，矩阵的余党正在利用金融封锁和威胁信件来恐吓成员，试图逐步瓦解联盟的支柱，摧毁成员们的安全感。
联盟的一些成员发现自己在日常生活中受到不明身份人士的跟踪。北美成员丹尼尔是一名经验丰富的黑客，负责协助联盟破解矩阵的技术防护系统。然而，某个夜晚，丹尼尔在回家途中发现一辆黑色轿车一直跟在身后，车窗紧闭，看不清里面的面孔。
起初，丹尼尔以为只是普通的交通情况，但几次转弯后，这辆车依旧紧紧尾随。他试图改变行车路线，以确认对方是否真的在跟踪自己。最终，当他在一个停车场停下车后，尾随的车辆也停在了远处，发动机始终未熄火。
感到情况不妙，丹尼尔迅速开车驶向偏僻的小路，企图甩掉跟踪者。但就在他行驶到一处没有监控摄像头的路段时，另一辆车突然从旁边冲出，挡住了他的去路。几名身穿黑色衣服的男子下车，靠近他的车窗，用一种带有威胁的低语告诉他：“如果不想惹麻烦，就停止调查。”
丹尼尔知道自己身处险境，强忍恐惧冷静地回应对方，表示自己会“考虑退出”。对方似乎满意地离开，但在离开前，他们用眼神警告了他一番，随后驾车消失在黑夜中。丹尼尔将这次事件告知陈晨，联盟内部的紧张感进一步加剧。
矩阵的清算行动逐步升级，不仅在物理上对成员进行威胁，还开始通过法律途径对联盟成员施压。联盟的一位亚洲成员小林是一名隐私保护活动家，负责在亚洲地区为联盟争取人权组织的支持。然而，在矩阵的清算行动下，小林被当地警方逮捕，罪名是“涉嫌破坏公共秩序”和“传播虚假信息”。
小林的手机和电脑被警方扣押，所有通讯记录被调查，警方甚至试图将他与某些“激进组织”联系起来，以此增加罪名的严重性。小林的家人也受到警告，被告知小林卷入了“国际非法组织”，如果不劝他配合警方，将会牵连家人。
小林的遭遇在联盟中引发极大恐慌，其他成员纷纷担心自己会受到类似的打压。陈晨与艾琳一同联系了自由联盟的法律团队，试图为小林提供支持。然而，由于调查的敏感性，小林被警方严密监控，几乎无法获取任何外界帮助。
小林的事件让联盟成员意识到，矩阵余党正在利用其政治影响力，将成员逐一打压，甚至试图通过法律手段使他们屈服。
陈晨意识到，如果不采取有效的应对措施，联盟可能会在矩阵的清算下土崩瓦解。她与艾琳商讨后，决定采取以下几项应对措施：
1. 身份保护：所有成员的身份信息都将进一步隐藏，使用虚拟身份和假名，避免在日常生活中暴露真实身份。艾琳和夜鹰提供了额外的加密软件，为成员的设备进行全方位保护。
2. 分散活动：联盟成员被建议分散行动，避免任何集体聚会或密集交流，所有沟通改用最严格的加密通讯。成员们尽量保持低调，减少线上活动，甚至暂时切断与外界的联系。
3. 撤离计划：对于受到严重威胁的成员，联盟制定了一份撤离计划，安排他们迅速转移至安全地点。联盟中的一些成员甚至被建议暂时离开所在国家，前往没有引渡协议的国家避难。
. 建立“休眠网络”：为了应对清算行动的长期性，陈晨与艾琳设立了一个“休眠网络”。这个网络只在紧急时刻激活，成员通过暗号联系，并定期进行“沉默检查”（即在无异常情况下，每隔一段时间发送加密信息确保安全）。这种做法能够最大程度地减少被监控的风险。
尽管采取了多重防护措施，联盟内部依然陷入动摇。一些成员因为家人的安全而选择退出，还有人因为恐惧而切断了与联盟的联系。陈晨明白，矩阵余党意图通过恐吓来瓦解联盟的意志，迫使成员们自动放弃调查。
在一次加密会议中，陈晨对仍然坚持的成员们说道：
“我知道我们每个人都处在巨大的危险之中，矩阵的清算可能会摧毁我们的一切。但我们所做的事是为了揭露真相，保护人们的自由。如果我们现在退缩，那么矩阵的阴影将永远笼罩在这个世界。”
她的鼓励给了剩下的成员一些力量，但也有成员表示动摇，担心这场斗争无法赢得最终的胜利。尽管如此，大部分成员选择继续留下，并承诺在接下来的清算行动中坚持到底。
清算行动让陈晨陷入了深深的思索。她知道，矩阵的残余势力仍然在幕后操控，联盟的每一步都可能被监视，自己的家人和朋友也面临被牵连的风险。但她也明白，揭露矩阵不是一个人的战斗，而是一个关系到每个人权利与自由的战斗。
某天夜里，她写下了一封信，寄给自己的一位密友：
“这场斗争的代价让我质疑自己是否做了正确的选择，但我清楚，这不是我一个人的选择。这是所有人应有的自由。我会坚持下去，无论代价如何，因为我深知，有人必须站出来，揭开这场黑暗中的阴谋。”
她将这封信锁入一个加密件中，为可能的“最终失败”做好准备，同时，她也在心底坚定了继续反抗的策略。她们决定低调行事，避免直接的暴露和冲突，同时静待时机，以期能一举揭开“修罗计划”的真相。联盟内部的成员们明白，他们正走在生死边缘，但每个人的心中也起了对抗压迫的坚定信念。
清算的开始，是挑战的起点；而陈晨和联盟的坚持，将在这场激烈的较量中，走向更为艰难的未来。