在内阁下设尚处，负责收发来往奏疏。
在侍从室下设档案处，负责将所有朱批过的奏本重新誊抄分类归档。
随后朱厚照又下旨在宫中另设档案馆，用来存放誊抄过的奏疏。
在传统化中，我们一直会比较注意保留这些前朝的档，其中一个重要的作用就是用‘死后之名’来约束现任的皇帝。
因为皇帝已经是天下最大了，除了历史评价、后人评语，其实也没有太多的办法。
朱厚照认同这种做法。
而且在他看来，如果这些东西能够保留下去，也是一种重要的历史档案。
而历史，对于我们这个民族太重要了。
还原历史真相，从过往历史中汲取养料，这也是构成我们民族化和民族性格的重要部分。
不过与之前不同的是，这些誊抄过的奏疏只是进行留档，并不是全部公开。
朱厚照会依据实际情况进行选择，需要进行公开的当然是明发邸报。
不合适的，则以密折形式再发给上奏的臣子即可，除了当事人和侍从室以外，其他人都不许看，封存在档案馆之中留待后世解密则可。
在运用密折制的时候，他已经告诫过臣子不得将与皇帝之间的秘密来往之事随意告知他人，这叫臣不密则失身。不过他还在挑一个合适的时机，找个人杀鸡儆猴，要他们知道自己这个皇帝在意这一点的。
这样整体看下来，其实是侍从室的地位会再次提高。
因为只有他们能够接触到每一份皇帝朱批过的奏本。
他们虽没有实际操作的经验，但是大量誊抄这些政务之后，对于他们个人有着极大的好处，这就相当于每天泡在‘武功秘籍’之中，
相比于接触不到这些内容的官员，侍从室自然优势明显。
这其实也是古代朝堂政治的演变逻辑，也是君权、相权在相互斗争中演化出来的。
其中一个根本逻辑是——天子总是想要收宰相之权，但国事繁重，他总要依赖于一部分人，经年累月之后，这些人就会变成宰相。
以‘尚’这一官职为例，这个官职始于秦，沿用于汉，本来就是个少府属官，掌及群臣奏章，说白了就是送件的。
汉武帝还用太监做过这种官。
但到了魏晋时，已经成为事实上的宰相。
为什么？
因为他们更接近皇帝，又能直接接触各种奏本，一点点的就掌握权力了。
又如明朝的内阁，这其实也是一样的，朱元璋废宰相，收宰相之权，后不得已又设内阁学士，协助其处理政务，到了后来这其实就是宰相。
到了清朝，内阁虽然没废，但是又有军机处，军机处的前身是南房，入值者说是主要陪伴皇帝赋诗撰，写字作画，但逐渐的也秉承皇帝的意旨起草诏令，撰述谕旨。
所以其实在康熙朝，内阁就已经差不多是个摆设了。
现在朱厚照这么做，某种程度上也是收内阁之权，许多事他们开始接触不到，真正协助天子处理政务的是这些侍从室的官。
虽说这样会异化出另外一个内阁。
不过还是有其好处的。
比如内阁自朱元璋时设置，到现在一百多年了，形成了许多长期以来不可打破的规矩。比如票拟，如果现在全部取消内阁票拟，想必满朝上下都会很疑惑。
而另起炉灶则完全就是一张白纸。
朱厚照可以随意发挥。
最早他设立侍从室，是帮助他整理各地官员入京禀报的各种内容，对于一个生活在电脑时代、习惯了数据的人来说，面对海量的信息处理，他能怎么办？
只能找个人形电脑。
最初是这样子设想的。
而因为一开始的职务很简单，官职也比较小，所以朱厚照可以对他们订一些严格的规矩，比如只负责记录、承旨、办事，议政、人事、军务等一切关键事务他们都没有发言权。
后来么，经过二十年的发展，侍从室的职权会不可避免的逐渐扩大。
因为皇帝需要。
最早是记各省的数据，后来则要掌握一些皇帝在意的官员档案，再后来碰到一些敏感的、皇帝不愿意让外朝官员知道的事情，他们又会按照旨意去办事。
而因为习惯了完全奉旨，不要说外朝有什么意见了，就是他们自己也不会把自己当做内阁阁老，想着要谏言、要延揽人才等。
这次改动，即便进一步加重他们的职权，他们都难以在正德一朝形成内阁对朱厚照的牵制能力。
这种演化至少需要换个君主才行。
与之有异曲同工之妙的还有行宫。