陈奇瑜在凤阳巡抚兼漕运总督的任上已近两年，期间除却正常职司以外，还多了项督管流贼战俘疏浚运河淤塞河段的任务。
经过近两年高强度的劳作，当初的五万战俘因病或者意外先后已经有五千余人死亡，死掉的这些人都被草草掩埋，连个墓碑也没有。
战俘们共清淤三百余里河段，大部分集中在运河淮安段，使得原本淤塞严重的这段河道变得通畅无比，几百料的大船也能畅行无阻，不再用人工拉纤。
从河中清出的淤泥作为肥料，全都被运到运河两岸的田地中肥田。
这些田地是朝廷从河南迁移过来的灾民们新开垦出来的。来自南阳府和汝阳府诸多州县的上百万灾民，在当地官吏的组织管理下，用了近两年的时间，便在运河两岸的荒地中开出了十多万顷连片的新田。
朱由检曾下旨，迁移过来的灾民按人头每人给与十亩口分田，这些田地是免租赋的；除却口分田之外，每家另外新垦田地皆按十二缴纳租赋，此举使得灾民们的开荒的热情高涨。
为了让灾民们渡过荒年，陈奇瑜奉旨每隔三十里修建一处大型粮仓，截留百万石漕粮储存起来，然后将每人每日所需粮米、食盐、干菜发放到灾民手中，以保证他们有足够的体力能支撑每天的劳作。
幸运的是北地连年的大旱尚未波及到江南一带，浙江、湖广、南直隶的粮食产量未收到大的影响，漕粮征收还算顺利，这些大型粮仓并未空置，灾民们的口粮供应有了保证。
陈奇瑜现在大部分精力都用在了安置新迁灾民、协调他们与当地官府百姓产生的矛盾上面，更多的担负起了凤阳巡抚的民事职责。他将河道清淤和漕运职事，分别交给了衙门中的工部主事和户部兼兑官来操办；自己则带着两名本家兄弟以及一众亲随，往来巡视灾民屯垦的有关事宜，以便安定灾民之心，防止因百姓之间的冲突而引发的民乱事件。
陈奇瑜对漕运职事根本不感兴趣。他知道漕运衙门离开他也会照常运转，而且也不会有什么惹眼的功劳。而今上更看重的是灾民安置是否妥当，只要在这件事上做出一番政绩，那很容易能吸引到皇帝的关注和欣赏。
过百万的灾民迁移是个浩大而繁重的工程。虽然朱由检也自內帑拨出巨款用于灾民的安置费用，但具体到每一件事情上就需要耗费大量的人力物力以及规划和组织，包括勘察地形、合理修建住所、根据荒地安排多少人为一村落等等繁杂琐碎的工作。
此次迁移灾民虽然众多，但安置的算是比较合理，并未出现大的疏漏，这主要得益于与灾民随迁而来的河南地方官吏的协助，而朝廷派出的巡察御史以及大量锦衣卫的监督也是功不可没。
没错，不光河南几个府州县的灾民远迁，那些地方官吏们也大都跟随前来。
受灾当地除了少数士绅大户和一些尚能自足的的自耕农以外，其余没有着落的百姓几乎全部被搬迁至运河淮安段。南阳等地除了主官以及少数官吏留守以外，剩余的则作为组织者带领灾民来到了朝廷指定的地点。有了这些熟悉民情的官吏协助，这次大规模、分批次移民才得以比较顺利的完成。
当然了，牵扯到如此多人口的移动，期间发生的种种事端也是纷繁复杂的，陈奇瑜在奏本中也只是简略一提。
陈奇瑜接到朱由检征询意见的谕旨后，立刻意识到这是他重回京城权利中心的一次良机。皇帝既然能在这种军国大事上有咨与他，这充分说明皇帝很看重他的能力。这本来是朝中重臣才会得享的荣耀，只要自己在条陈中提出与众不同的精彩见解和主张，说不定自己也有机会参与战事，只要有足够的军功，那谁也阻挡不了自己回京的步伐。
陈奇瑜在奏本中先把自己这两年如何安置灾民之事做了大致的描述，然后才涉及到了明年的战事。
不得不说陈奇瑜的战略眼光确实超卓。在奏本中，他别出心裁的提出了跨海作战的方略，这在当时普遍不重视登陆战的大明实属罕见。
陈奇瑜建议朝廷今年调兵至登莱一线，在明年大军出关与建虏主力正面对决时，由靖海伯调集船只将登莱官军运送至辽东登陆，趁建虏兵力集中于锦州沿线、辽东一带兵力薄弱之际，登陆官军直接奔袭赫图阿拉，彻底摧毁建虏祖陵，将历代奴酋之尸骨挫骨扬灰，使奴酋士气大沮，然后撤回登陆地点折返大明。
陈奇瑜这招既狠辣又歹毒。真要是大战一起，在这个非常讲究气运之说的年代，听到自家祖坟给刨了、老窝给端了、左翼也有明军身影的野猪皮的子孙们肯定会方寸大乱，官军取胜的机会大增。
赫图阿拉建有后世被称为清永陵的满清祖陵，始建于万历年间，现在还叫兴京陵，里面埋葬着野猪皮的六世祖孟特穆、曾祖福满、祖父觉昌安、父亲塔克世以及伯父、叔父等人，是被皇太极等人诩为“天子之气”的所在，也是建州的精神支柱。虽然皇太极登基后将都城迁至盛京，但仍在赫图阿拉留下了数千精锐拱卫祖陵。
陈奇瑜向朱由检建议，登陆辽东的官军须得选派悍不畏死之将官士卒，人数当在五千上下。战前许其重赏以激其志，阵亡者厚恤其家人，将官则允以高位以酬其劳，所谓重赏之下必有勇夫，五千人应该不难挑选，比如在陕西归降的流贼张耀部以及刘国能部。
陈奇瑜毫不掩饰对流贼降将们的轻视和敌视态度，他之所以建议朱由检从这两部选人，明摆着有借刀杀人的意味。
在他的眼中，这些降将军卒均不可信。当初他们之所以投降朝廷，也是在迫不得已的情形下采取的投机行为，其真实用心值得怀疑。
并且张耀与刘国能部自归降以来一直寸功未建，两部一万余人空耗朝廷粮饷，既是身为官军，就应当为国效力。明年大明精锐官军几乎要全部出关作战，这两个不稳定因素留在内地着实让人放心不下，不如择其勇悍遣往辽东，如其获胜而归，那就是意外之喜；若其覆亡于敌境，那亦是为国牺牲，此为两全之策也。
朱由检对陈奇瑜思虑如此周详深表赞赏，此实为老成谋国之言。虽然他提到这种极端事例几乎不可能发生，但防患于未然总归不是坏事。
陈奇瑜提出的渡海作战策略大体可行，具体作战方案还需兵部相关人员详细商讨后才能制订好。等兵部拿出方案后，朱由检就会下旨，从张耀、刘国能部选派精兵前往登莱驻防。郑芝龙则要调派船只北上，探查登陆点和接应点，运载官军往来于登莱、辽东之间进行操演，以使将官士卒提前适应环境，不至于因不习水性而丧失战斗力。
一提到登陆辽东，朱由检首先想到的便是毛龙经营过的皮岛。明年出关之战打响后，登莱军就应立即夺取皮岛，然后由熟悉地形的辽东汉人作为向导，从镇江堡一路沿着鸭绿江西岸北上，直驱赫图阿拉。历史已经证明，建虏在这一带兵力极为薄弱，这与双方都不重视水师、未曾想到会有军队跨海登陆有直接的关系。
尤其自大明东江镇覆灭、皇太极派兵征服朝鲜后，建虏已将辽东视为了大后方，其全部精力都放在了辽西一带，这就给官军奔袭提供了绝佳的机会。